Antibiotiká sa používajú na liečbu závažných bakteriálnych infekcií. Zabíjajú škodlivé baktérie, rovnako ako tie dobré, a preto by sa mali použiť ako posledná možnosť. Podľa Doggies Paradise, internetovej stránky o zdraví psov, akonáhle sa používa antibiotikum, zlé baktérie často rastú rýchlejšie ako dobré. Môže to spôsobiť poruchy trávenia, ako aj ochorenie v intestinálnom trakte. Po stáročia majitelia domácich zvierat používali alternatívne lieky a všetky prírodné antibiotiká na liečbu chorôb u psov. Tento lacný spôsob liečby účinne reaguje na zdravie psov bez zabíjania dobrých baktérií, ktoré telo potrebuje pre optimálne zdravie.
Veterinariári často predpisujú antibiotické lieky na bakteriálne infekcie, ale niekedy aj na vírusové alebo plesňové infekcie, na ktoré antibiotiká nemajú žiadny pozitívny účinok.
Antibiotiká, keď sa podávajú psom, sú známe tým, že spôsobujú nežiaduce vedľajšie účinky a prispievajú k sekundárnym infekciám, ako sú respiračné infekcie a infekcie uší.